Kahumbu lớn lên tại Nairobi, Kenya, và tại đó theo học trường tiểu học và trung học cơ sở tại Loreto Convent Msongari. Bà được giáo dục đầu tiên bởi nhà bảo tồn nổi tiếng Richard Leakey.[1][2] Bà được trao tặng một suất Học bổng của Chính phủ Kenya để học về SInh thái học và Sinh học tại Đại học Bristol. Sau đó bà nhận được bằng Thạc sĩ tại Đại học Florida về Wildlife and Range Science vào năm 1992. Những công tác thực nghiệm và nghiên cứu ban đầu của bà tập trung vào các loài linh trưởng, với luận văn Thạc sĩ của bà viết về các loài khỉ của Khu bảo tồn Quốc gia Linh trưởng Sông Tana.[3]